Orol skalný pomerne neskoro pohlavne dozrieva. Po prvý krát pristupuje k rozmnožovaniu v štvrtom až šiestom roku života. Samice môžu utvárať páry skôr než samce. V rokoch s nedostatkom potravy pár nemusí vôbec zahniezdiť.

Hniezdne páry orlov majú svoje teritóriá, v ktorých centre sa obyčajne nachádzajú ich hniezda. Vo svojich revíroch zostávajú po celý rok. Hniezdna sezóna sa začína koncom februára až začiatkom marca. Pri dobrom počasí je možné už v januári pozorovať tokajúce vtáky v okolí hniezdiska.

Pozorovať svadobné lety je naozaj úchvatným vzrušujúcim zážitkom. Samec a samica spoločne krúžia v obrovských výškach, po čom sa náhle spúšťajú strmhlav k zemi a opäť stúpajú hore, čo sa môže niekoľko krát opakovať. Samec sa pred samicou predvádza obrovskými vzdušnými „hojdačkami“ pri ktorých striedavo sťahuje a rozťahuje krídla. Výnimočnou špecialitou je „flopingový let,“ kedy orol vo vodorovnom smere robí osmičky, pričom v jednej fáze letí chrbtom obrátený k zemi. Majstrovské akrobatické spôsoby letu sú aj pri vzájomnom chytení sa pazúrmi a s napoly roztiahnutými krídlami sa točia okolo spoločnej osi a súčasne klesajú k zemi. Takto pripomínajú let semienok javorov.
V karpatských podmienkach orly skalné znášajú dve hnedoškvrnité vajcia od polovice marca do začiatku apríla. Vajcia v znáške sú rôznych odtieňov, vajce znesené ako prvé býva tmavšie. Na svoje hniezda počas toku a hniezdenia pravidelne prinášajú zelené vetvičky, ktoré slúžia na maskovanie a prikrývanie koristi, a tiež aj z hygienických dôvodov.

Po 42-45 dňoch na prelome apríla a mája sa liahnu orlíčatá. U orla skalného sa vyskytuje kainizmus, pri ktorom je zvyčajne staršie mláďa veľmi agresívne vo vzťahu k mladšiemu súrodencovi a napáda ho, následkom čoho mladšie obyčajne uhynie.

Mladé orly skalné zostávajú v hniezde okolo 10-12 týždňov, opúšťajú ho na konci júla až začiatkom augusta. S rodičmi zotrvajú v hniezdnom teritóriu ešte okolo troch mesiacov, počas ktorých sa učia loviť a osvojovať si všetky návyky potrebné pre ďalšie samostatné prežitie. Niekedy sa vyskytujú v domovskom okrsku až do nasledujúcej jari. Orlí rodičia svoje mláďatá poznajú a akceptujú ich aj vo svojom teritóriu, cudzie orly však zo svojho teritória vyháňajú.