Chemizácia

Ohrozením pre populáciu orla skalného je zamorenie prostredia chemickými prostriedkami na ochranu rastlín, vyrobenými na báze toxických organických zlúčenín a ťažkých kovov.

Je známy negatívny vplyv dokonca neveľkého množstva insekticídov na orly skalné.

V súčasnosti prítomnosť chemických zlúčením na lokalitách s výskytom orlov skalných má skôr lokálny charakter.

Otrávené návnady

Medzi nelegálne aktivity patrí aj vykladanie otrávených mäsitých návnad na likvidáciu takzvanej škodnej zveri. Na takéto návnady prilietajú aj orly skalné, ktoré hlavne v období s nedostatkom potravy s obľubou konzumujú uhynuté zvieratá. Po skonzumovaní takejto návnady častokrát hynú priamo na mieste. K otravám tiež dochádza po skonzumovaní hlodavcov otrávených pri ich nelegálnej likvidácii poľnohospodármi.
Mláďa z Malej Fatry uhynuté následkom otravy
Orlí pár uhynul po skonzumovaní otrávenej návnady, východné Slovensko.