Vážnym ohrozením pre tú časť populácie, ktorá buduje hniezda v lesoch, je výrub vhodných porastov pre hniezdenie. Plánovaný nízky rubný vek lesných porastov a ťažba dreva v hniezdnom období sú vážnym ohrozením pre hniezdenie tohto druhu.

V Karpatoch neobhospodarovaná pôda i pasienky po bývalých poľnohospodárskych družstvách vytvárajú veľmi dobré podmienky pre získavanie potravy orlov skalných. Bohužiaľ, veľa z týchto oblastí je v súčasnosti zalesnených, alebo prirodzene zarastá. Zarastanie otvorených plôch spôsobuje, že prestávajú mať funkciu lovísk, pretože sa korisť stáva nedostupnou.