Vážnym ohrozením pre tú časť populácie, ktorá buduje hniezda v lesoch, je výrub starých porastov vhodných pre hniezdenie. Nízky rubný vek lesných porastov a  ťažby dreva v hniezdnom období sú vážnym ohrozením pre hniezdenie tohto druhu.

Neobhospodarovaná pôda v horských oblastiach a pasienky vytvárajú veľmi dobré podmienky pre získavanie potravy orlov skalných. Bohužiaľ, veľa z týchto oblastí je v súčasnosti zalesnených alebo prirodzene zarastá. Zarastanie otvorených plôch spôsobuje, že prestávajú mať funkciu lovísk, pretože sa korisť stáva nedostupná.